Entre los signos y síntomas que puede padecer un paciente con SIBO, destacan: distensión abdominal, diarrea/estreñimiento, meteorismo, dolor abdominal, permeabilidad intestinal, inflamación mucosa intestinal, sensibilidad y alergias alimentarias, esteatorrea, pérdida de peso/anemia, déficit nutricional (vit B12, vit D, Fe) y otros síntomas extradigestivos como son la fatiga, cefaleas, eccemas, acné, osteoporosis, así como el procesamiento de uno mismo del dolor y la gestión de los problemas.